1982年,國立藝術學院的成立(今國立臺北藝術大學),為台灣的藝術教育立下了重要的里程碑。馬水龍參與了創校所有的籌備工作,並接下首任音樂系主任。長久以來,台灣整個音樂教育內容全盤西化,形成失根的音樂文化而不自覺,令人遺憾。因此,在他規劃音樂系教育宗旨與教學課程時,用了相當多時間訪視與研究國內外多所知名學府,作為設計課程的依據;除了希望吸取西方豐富的音樂、學術內容外,強化而深根自我文化思想,跨越東西文化籓籬,以培植富有思想內容及國際宏觀的音樂家。
  在這樣的觀念下,音樂系除了一般鍵盤組、聲樂組、作曲組別外,又增設傳統樂器組。這一組先開設古琴與琵琶兩項,因為古琴與琵琶是蘊藏最豐富傳統文化內涵的傳統樂器;而該組不僅強調彈奏技巧,更重要的是配合其他相關課程,探尋其文化精神與內容。另外,特別首創國內一向被忽略的擊樂組。一般人認為擊樂僅只是敲敲打打節奏而已,實不知擊樂是自古以來,陪伴人類不可或缺的重要樂器,它千變萬化的節奏與音色,敘述了人類內在最原始的情感世界。因此,擊樂組除了表現西方樂器的演奏技巧訓練外,更開設傳統戲曲鑼鼓樂;從鑼鼓樂中,尋找西方音樂或樂器所沒有的特質與詮釋方法。
1992年校門啟用儀式

1996824日音樂系第二大樓新建

工程破土典禮