在經過一段時期的學習後,馬水龍認為藝術就是他的生命,但卻為了究竟要選擇美術或音樂作為一生的志業,而猶豫不決。面對人生的重大抉擇,他索性一個月完全不碰音樂與美術,來考驗何者為他的最愛。沒幾天下來,他發現自己沒作畫,日子還是照樣過,可是沒了音樂,幾乎是坐立難安,整日失魂落魄。最後,他終於選擇了音樂,然而選擇音樂並不意味著完全拋棄美術,而他日後的音樂創作中,也時常蘊涵著豐富的繪畫意境。1959年,馬水龍考上國立藝專(今國立台灣藝術大學)音樂科理論作曲組。在此同時,為了養家,他仍在「台肥一廠」擔任夜班全職工作,來回於基隆的工廠與板橋的學校之間,日以繼夜的奔忙苦讀。
1962年23歲留影

  在國立藝專求學期間,馬水龍主修理論作曲,副修大提琴和鋼琴。除了跟隨盧炎學習和聲學與對位法,並向剛從法國回來的許常惠學習音樂史與當時歐洲音樂的新潮流。作曲主修蕭而化老師為馬水龍奠定紮實的西方作曲技巧,而經常下田野採集臺灣民間音樂的許常惠,強調不能忘本的精神,是影響馬水龍重視傳統音樂的關鍵人物。

1962年馬水龍為左起第二位

1962年馬水龍為右起第一位